Состоит в четком определении целей, разработке программ для оптимального достижения поставленных целей, выделении необходимых ресурсов для осуществления программ и формирования организаций, осуществляющих руководство их выполнением.

Программно-целевое управление начинается с выявления и четкой постановки конечных целей. Цели отражают обычно желаемую ситуацию, к которой должна перейти система управления из заданной ситуации через определенный период времени, после решения ряда проблем, отделяющих заданную ситуацию от желаемой.

Таким образом, уже на стадии постановки цели создается обобщенная модель будущего. Завершается этот этап рассмотрением альтернативных вариантов решения и выбором окончательного решения.

После того как оно принято, начинается этап разработки программ. На этом этапе достижение стратегической цели подразделяется на подцели. На каждом этапе выделяются задачи и приоритеты их решения, а также осуществляется их увязка с ресурсами (материальными, трудовыми, финансовыми). При этом выполнение каждого этапа четко определяется по основному результату, объему и сроку.

На стадии формирования программы крайне важно, сохраняя главную целевую установку, обеспечить преемственность и последовательность промежуточных этапов и решений путем выявления и анализа их влияния на конечные результаты реализации программы.

Для увязки всех этапов реализации программы может быть составлено «дерево целей». Этот термин начал использоваться в литературе по менеджменту еще в 60-е годы. Его появление связывают обычно с методикой PATTERN, на основе которой разрабатывалась программа «Аполлон». В настоящее время это понятие получило широкое распространение не только при составлении программ освоения космоса, но и в управлении производственной и коммерческой деятельностью различных организаций, при разработке экономических и социальных программ.

Термин «дерево целей» состоит из двух понятий: «дерево», которое четко описано в теории графов, и «цели», которая имеет конкретное значение в управлении. Поэтому объединение двух понятий не требует специального объяснения и воспринимается обычно интуитивно, как само собой разумеющееся. «Деревом» называется граф G (X,R,Y,Z), в котором любая пара вершин соединена единственной цепью дуг. Пример «дерева» можно представить следующим образом.

В понятии «дерево целей» корень дерева отождествляется с главной целью программы, выделение первого уровня вершин соответствует подцелям первого уровня, вершины на следующем уровне определяются подцелями второго уровня и т.д. Подцели нижних уровней дерева целей следует рассматривать как средства и способы достижения целей более высокого уровня.

После того как цели и подцели при помощи дерева целей согласованы и ранжированы, программа принимает обычно форму Директивного документа, обязательного для всех исполнителей.

Принятая программа подлежит исполнению. Однако в процессе ее реализации могут возникнуть изменения в системе управления и в окружающей среде, которые отсутствовали (или не были учтены) в момент принятия программы. Нередко эти изменения вызывают серьезные затруднения в реализации как всей программы, так и отдельных, ее этапов. Поэтому необходим постоянный комплексный контроль за ходом реализации всей программы и  каждого ее этапа.

Обычно для осуществления такого контроля создаются специальные подразделения, которые включаются в матричную систему управления.

По результатам контроля проводится анализ, в ходе которого сопоставляются полученные результаты с целями (подцелями) программы и в случае отклонений выясняются их причины, а затем принимаются меры либо по корректировке программы, либо по устранению отклонений. Причем принятию решения о корректировке программы или об устранении отклонений должна предшествовать диагностика проблем, вызвавших отклонение от заданных целей (подцелей) программы. Например, заведующий секцией в магазине установил, что его подразделение не выполнило задание по объему товарооборота, и он может установить причины этого невыполнения. Это будет реактивное управление. Его необходимость очевидна. Однако возможны ситуации, когда в ходе контроля выясняется, что невыполнение заданий программы имеет гипотетический характер, т.е. сбои еще не произошли, но возможны. Тогда проблему рассматривают как потенциальную возможность срыва заданий программы. Например, активный поиск способов повышения эффективности работы подразделения (или улучшения качества производимой продукции или оказываемых услуг), характерный для японских кружков контроля качества, даже если программа реализуется успешно, будет упреждающим управлением и, безусловно, принесет пользу организации, реализующей программу.

Однако для упреждающего управления необходима соответствующая система мотиваций всех участников «реализации программы, а это далеко не всегда осуществимо на практике.

В нашей стране накоплен существенный опыт программно-целевого управления на всех уровнях. Однако далеко не все программы были осуществлены в полном объеме и в установленные сроки. Среди причин невыполнения заданий программ можно отметить недостаточную организацию контроля, низкий уровень ответственности и отсутствие должной мотивации участников реализации программ.